Gegenüber der Hohen Pforte und dem königlichen Palastgebiet liegt im Osten des Platzes das farbenprächtige, blaugrundige Eingangsportal der Scheich-Lotfollāh-Moschee (persisch مسجد شیخ لطف الله). Der Architekt hieß Muhammad Reza ibn Ustad Hosein Banna Isfahani.
Die Moschee mit ihrer einfarbigen, hellen Kuppel und dem türkisfarbenen Kleid ist innen und außen mit kostbaren Kacheln geschmückt und wurde in der Zeit von 1603 bis 1616 errichtet. Je nach Lichteinfall verändern sich die Kuppelfliesen von Rosa über Beige bis karamellfarben. Bis zur Errichtung der Königsmoschee wurde sie vom Schah und seiner Familie benutzt. Sie ist durch einen unterirdischen Gang unter dem Meidān-e Emām mit der gegenüberliegenden Hohen Pforte verbunden, um die weiblichen Angehörigen der königlichen Familie vor fremden Blicken zu schützen.
Abbas I. widmete sie seinem 1622 verstorbenen Schwiegervater Scheich Lotfollāh, dessen Namen sie seither trägt.
Das Gebäude und sein weiterer Zweck bergen bis heute Geheimnisse. Die Inschrift im Portal weist es als Moschee („Masdschid“) aus, aber die Anlage verfügt weder über ein Minarett noch über einen für Moscheen ebenfalls üblichen Innenhof mit Waschgelegenheiten (Wudu’). Der Hauptraum mit einer Grundfläche von 19 mal 19 Metern enthält einen Mihrab, d. h. eine Gebetsnische, die zur Qibla ausgerichtet ist, sodass die Anlage circa 45 Grad zum Platz versetzt liegt. Neben dem Hauptraum befindet sich ein annähernd gleich großer Raum mit tiefem Gewölbe, das auf vier oktogonalen Pfeilern ruht.
Insgesamt passt die Gestaltung der Anlage eher zu einem Mausoleum, es ist jedoch davon auszugehen, dass dort niemand bestattet wurde. In der Literatur wird das Gebäude meist als privates Gebetshaus der königlichen Familie bezeichnet, was in der iranischen Architektur aber unbekannt ist.