Die Imam-Ali-Moschee in Nadschaf gilt als eine der größten Heiligtümer für Schiiten, da es das Mausoleum Imam Alis (a.) umschließt. Sie wird im Arabischen auch geweihte Städte [haram] des Imam Ali (a.) bezeichnet.
In dem von einer Kuppel mit 777 Ziegeln aus Gold bedeckten Gebäude ist Imam Alis (a.) Schrein aufbewahrt. Zudem lagern im Mausoleum uralte unersetzliche Dokumente sowie weitere Kostbarkeiten aus Gold und Juwelen von unschätzbarem Wert. Eine ebenso überragende Bedeutung hat Wadi-ul-Salam Friedhof in unmittelbarer Nähe.
Ursprünglich handelte es sich um ein Geheimgrab. Imam Hasan (a.), Imam Husain (a.), Muhammad ibn Hanafiyya und Abdullah ibn Dschafar haben Imam Ali (a.) heimlich in der Nacht an einem Ort begraben, der damals Ghariyyayn hieß und heute im Südwesten von Nadschaf liegt. Gemäß Ibn Tawus erfolgte die Geheimhaltung, um Konflikte mit den Umayyaden und Chawaridsch bei der Beisetzung zu vermeiden. Nur wenige Anhänger wurden später informiert.
Die Offenlegung erfolgte durch Dawud ibn Ali al-Abbasi (gest. 133 n.d.H./751 n.Chr), der die Stelle bezeugte, so dass viele Menschen anfingen, die Grabstätte zu besuchen. Dawud ibn Ali al-Abbasi installierte einen Grabstein auf dem Grab.
In der Zeit von Imam Sadiq (a.), als die Umayyaden von der Macht vertrieben wurde, gab es keinen Grund mehr, das Grab geheim zu halten. Aus diesem Grund wurde der Ort seines Grabes allmählich bekannt und allen zugänglich gemacht. Es wird berichtet, dass Safwan ibn Yahya die Erlaubnis von Imam Sadiq (a.) erhalten habe, um den Ort der Grabstätte bekannt zu geben. Zudem soll Imam Sadiq (a.) etwas Geld gespendet haben, für die Reparationen und den Wiederaufbau des Grabes. Eine andere Behauptung besagt, dass die Offenlegung durch Dawud ibn Ali al-Abbasi (gest. 133 n.d.H./751 n.Chr) erfolgte. Er soll einen Grabstein auf dem Grab installiert haben.
Nach der Machtübernahme durch die Abbasiden und Konsolidierung ihrer Macht wurden die Anhänger Imam Alis (a.) heftiger als zuvor verfolgt, so dass das Grab wieder verlassen und der Grabstein zerstört wurde.
Harun al-Raschid erkannte die Anziehungskraft der Grabstätte und wollte diese für Sympathien für seine Herrschaft missbrauchen. Daher hat er um 170 n.d.H. (786 n.Chr.) den ersten Schrein auf dem Grab aus weißen Ziegeln erbauen lassen. Zudem veranlasste er ein größeres Gebäude auf dem Grab aus rotem Ton zu errichten und ein grünes Tuch über den Schrein zu legen. Mutawakkil ließ den Schrein vor seinem Ableben 247 n.d.H. (861 n.Chr.) zerstören.
Muhammad ibn Zayd al-Da’i (gest. 287 n.d.H./900 n.Chr.) baute das Grab wieder auf und baute außerdem eine Kuppel, Mauern und eine Mauer um Schrein. Umar ibn Yahya erneuerte den Schrein im Jahr 330 n.d.H. (942 n.Chr.) und ließ eine Kuppel aus seinen persönlichen Mitteln installieren.
Adhud al-Daula al-Daylami (gest. 372 n.d.H./982 n.Chr.) ließ das Gebäude im Jahre 977 n.Chr. derart umfassend renovieren, dass es in seiner Art für seine Zeit einzigartig war. Er wandelte die Verwaltung in eine Stiftung um. Jenes Gebäude blieb bis 753 n.d.H. (1352 n.Chr.) erhalten. In jenem Jahr wurde das Gebäude niedergebrannt und zerstört. Es wurde behauptet, dass in diesem Feuer auch ein Manuskript des Heiligen Qur’an in drei Bänden, das von Imam Ali (a) selbst geschrieben wurde, verbrannt ist. Die Herrscher der Buyiden sollen den Wiederaufbau gefördert haben. Im Jahr 760 n.d.H. (1359 n.Chr.) wurde ein neues Gebäude errichtet. Abbas I. ließ Halle, die Kuppel und den Hof des Gebäudes restaurieren. Safi I. ließ den Innenhof des Schreins erweitern. Die goldene Beschichtung der Kuppel des Eingangs und der beiden Minarette wurde von Nadir Schah Afschar veranlasst. Später wurde die Moschee mehrfach umgebaut und erweitert, wie es auch unaufhörlich seit ca. 2014 der Fall ist.
Nach dem Einmarsch der US-Truppen in den Irak im Jahr 2002 gab es mehrere Anschläge auf die Moschee darunter auch Anschläge auf zwei hohe Gelehrte:
Am 10. April 2003 wurde der Geistliche Abd al-Madschid al-Chu’i (Sohn des Großayatollah Abul-Qasim Chui) nach seiner Rückkehr aus dem britischen Exil nahe der Moschee getötet.
Am 29. August 2003 explodierte eine Autobombe außerhalb der Moschee kurz nach Beendigung des Freitagsgebetes. Mehr als 125 Menschen wurden getötet, unter ihnen auch der Großajatollah Sayyid Muhammad Baqr al-Hakim.
Von den Zwölf Imamen (a.) ist von sieben Imamen bekannt, dass sie beim Grab gewesen sind: Imam Hasan (a.), Imam Husain (a.), Imam Zain-ul-Abidin (a.), Imam Muhammad Baqir (a.), Imam Sadiq (a.), Imam Ali al-Hadi al-Naqi (a.), Imam Hasan al-Askari (a.). Da Imam Hasan (a.) lediglich beim Begräbnis dabei war, werden oft nur sechs der Zwölf Imamen (a.) angegeben, die das Grab auch nach den Begräbnis noch besucht haben und von denen es bekannt ist. Es ist aber gut möglich, dass auch die anderen hier waren.
Gemäß einigen Überlieferungen [hadith] befinden sich auch die Gräber von Adam (a.) und Noah (a.) auf dem Moscheegelände, ohne dass man genau weiß, wo sie liegen.
Zahlreiche Moscheen der Welt sind nach dieser Moschee benannt, darunter auch die Imam Ali Moschee in Hamburg. Seit 2014 n.Chr. finden mit iranischen Geldern sehr umfangreiche Um- und Ausbauarbeiten am Schrein statt, so dass ein größeres Gelände um die heilige Stätte entstehen soll. Dazu gehört vor allem der Fatima Zahra Vorhof.
Die Imam Ali Moschee in Nadschaf ist der Startpunkt für den Fußmarsch von Nadschaf nach Kerbela zum Arba’in von Husain. In unmittelbarer Nähe der Imam Ali Moschee befindet sich der Scheich al-Tusi Schrein.
Die Anordnung der Gräber und Bauelemente ist einzusehen im Imam Ali Moschee Plan.
Auf dem Gelände gibt es auch den Chui-Schrein, den Muhammad Said al-Hakim Schrein sowie die Schreine zahlreicher anderer großer Theologen wie Hussein Tabatabai Qumi.